Obchodný zákonník definuje povinnosť každej s.r.o. pri svojom vzniku vytvoriť valné zhromaždenie a menovať prvého konateľa, resp. konateľov spoločnosti. Ide o obligatórne orgány, bez ktorých s.r.o. nemôže existovať. Zákon s chýbajúcim personálnym obsadením týchto orgán spája aj následky zrušenia spoločnosti. S.r.o. k uskutočňovaniu právnych úkonov nevyhnutne potrebuje spôsobilú fyzickú osobu, ktorá bude za spoločnosť tieto právne úkony vykonávať. Ide o štatutárny orgán spoločnosti, ktorým môže byť konateľ alebo konatelia, oprávnený konať samostatne alebo spoločne. Štatutárny orgán je ustanovený v dokumente, ktorým bola spoločnosť s.r.o. založená, alebo neskôr môže byť vymenovaný valným zhromaždením spoločnosti. Z hľadiska závažnosti zmien týkajúcich sa tohto výkonného orgánu je významnejšou skutočnosťou zmena počtu konateľov oprávnených konať v mene spoločnosti ako samotné personálne obsadenie tejto funkcie. Pri personálnej obmene nedochádza k zásahom do spoločenskej zmluvy a teda na rozhodnutie valného zhromaždenia nie je vyžadovaná kvalifikovaná väčšina. Naproti tomu zmena počtu konateľov, hoc k tejto zmene dôjde len vymenovaním ďalšieho konateľa k už ustanoveným konateľom alebo odvolaním z funkcie bez vymenovania nového konateľa, je zmenou spoločenskej zmluvy, s ktorou zákon spája nevyhnutnosť rozhodovania kvalifikovanou väčšinou na valnom zhromaždení, ak spoločenská zmluva neurčuje vyšší počet hlasov potrebných na prijatie takéhoto rozhodnutia.
Fakultatívnym orgánom, ktorý môže byť zriadený spoločenskou zmluvou, je dozorná rada. Ide o kontrolný orgán, ktorý má predovšetkým dozerať na výkon činnosti štatutárneho orgánu. Fakultatívnosť tohto orgánu je daná predovšetkým posudzovaním s.r.o. ako právnej formy vhodnej prevažne pre malé podniky, kedy kontrolnú činnosť vykonávajú aj sami spoločníci na valnom zhromaždení, čím sa do popredia dostáva určitý osobný charakter tejto právnej formy. Právna úprava v zahraničí však pozná i obligatórnosť dozornej rady, a to u väčších spoločností, ktoré napríklad majú viac ako 500 zamestnancov, ako je tomu v Nemecku, alebo pri vyššom počte spoločníkov ako 50 ako je tomu v Rakúsku. V slovenských podmienkach sa kreovanie dozorných rád výrazne nepresadilo, čo je hlavne charakterom spoločnosti s ručením obmedzeným v našich podmienkach, kedy spoločnosti sú využívané hlavne na priame podnikanie spoločníkmi, ktorí zároveň vykonávajú aj funkciu konateľov tejto spoločnosti, a kde kontrola je vykonávaná primárne samotnými spoločníkmi v rámci dostupných možností.
